適格請求書等保存方式（インボイス制度）のもとでは、インボイス発行事業者以外の者（免税事業者や未登録の課税事業者など）からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除の対象外です。ただし、制度導入による急激な影響を緩和するため、一定期間・一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。

本記事では、令和8年度（2026年度）税制改正によって見直された経過措置の適用期間・控除割合・上限額を、国税庁・財務省の公開情報をもとに整理します。

経過措置の基本的な仕組み

インボイス発行事業者以外からの課税仕入れであっても、経過措置の対象期間中は、支払対価に含まれる消費税相当額の一定割合を仕入税額とみなして控除できます。この割合は制度開始からの経過年数に応じて段階的に引き下げられる設計です。

改正前の経過措置スケジュール

令和8年度税制改正前の制度では、次のスケジュールで控除割合が引き下げられる予定でした。

適用期間控除割合
令和5年10月1日〜令和8年9月30日80%
令和8年10月1日〜令和11年9月30日50%
令和11年10月1日〜令和14年9月30日30%

令和8年度税制改正による見直し内容

令和8年度税制改正では、上記スケジュールのうち令和8年10月以降の部分が次のとおり見直されました。

適用期間控除割合（改正後）
令和8年10月1日〜令和10年9月30日70%（改正前50%から引き上げ）
令和10年10月1日〜令和12年9月30日50%
令和12年10月1日〜令和13年9月30日30%

改正後は、経過措置全体の終了時期が令和13年9月30日となり、改正前（令和14年9月末）より1年前倒しとなる一方、令和8年10月から令和10年9月までの2年間は控除割合が50%から70%に引き上げられ、直近の負担は軽減される内容です。

大口取引に対する上限額の引き下げ

同改正では、経過措置の適用に上限額の制限が新設・強化されました。具体的には、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年または事業年度において一定額を超える場合、その超えた部分については経過措置の適用が受けられません。

この上限額は、改正前の10億円から1億円に引き下げられています。多数回・高額の取引を特定の免税事業者等と継続している場合は、超過分の取り扱いに注意が必要です。

実務上の留意点

  • 経過措置はインボイス（適格請求書）の交付を受けられない場合の救済措置であり、対象取引ごとに区分経理と帳簿への記載（経過措置の適用を受ける旨等）が必要です
  • 控除割合は取引の相手方がインボイス発行事業者かどうかで変わるため、取引先の登録状況の確認が前提になります
  • 経過措置は時限的な措置であり、令和13年9月30日をもって終了予定です。恒久的な対応ではない点を踏まえた取引条件の検討が求められます

関連記事

まとめ

免税事業者等からの仕入れに係る仕入税額控除の経過措置は、令和8年度税制改正により控除割合と上限額の両面で見直されました。令和8年10月以降の控除割合は50%から70%へ引き上げられた一方、経過措置全体は令和13年9月末で終了予定であり、大口取引への上限額も10億円から1億円に引き下げられています。

自社の取引実態に照らした具体的な影響については、国税庁の最新情報を確認のうえ、税理士等の専門家にご相談ください。